Кафедра музыкально-теоретических дисциплин образована в сентябре 1993 года одновременно с разделением института. К консерватории тогда отошли два ведущих факультета фортепиано-теоретический и вокально-оркестровый.
Огромный вклад в становление и плодотворную работу кафедры внесли: заслуженный деятель культуры Кыргызской Республики, композитор, профессор Роман Владимир Михайлович. Общий теоретический курс был подкорректирован и несколько изменен. Таким образом, в настоящее время кафедрой ведутся следующие дисциплины: теория музыки, сольфеджио, гармония, анализ музыкальных произведений, инструментоведение и исторические дисциплины зарубежной, русской, советской, кыргызской музыки. Надо отметить, что все эти годы содержанию музыкально-теоретических предметов всегда уделялось пристальное внимание в методическом плане. Это вызывалось открытием эстрадной специальности, традиционной музыки и фольклор, учитель музыки и пения и т.д., где имеются специфические требования к ведению, например, курса теория музыки, гармонии, сольфеджио, истории музыки.
Педагогический состав кафедры музыкально-теоретических дисциплин формировался такими сильными высококвалифицированными специалистами, членами союза композиторов КР, как первый заведующей кафедрой Роман Владимир Михайлович – композитор, заслуженный деятель культуры КР, профессор, автор учебника «Кыргызская музыкальная литература»; Осмонов Сатылган Осмонович – композитор, Народный артист КР, первый лауреат Международной премии А.Малдыбаева, профессор, автор учебного пособия «Сольфеджио»; Дүйшалиев Камчыбек Шаменович – музыковед, доктор искусствоведение, автор несколько учебников и научных статьей, профессор; Асанбаев Кенжегазы Мамбетович – композитор, заслуженный деятель культуры КР, профессор; Субаналиев Сагыналы Субаналиевич – музыковед, кандидат искусствоведения, профессор; Мурзабаев Асан – композитор, заслуженный деятель КР, доцент; Айтикеев Совхозбек Кожомкулович – композитор, лауреат Международной премии М.Абдраева, редактор Объединенной репертуарно-редакционной коллеги Министерство культуры КР.